Os Grupos Temáticos, ou Grupos de Trabalho - GT, são formados para aprofundar temas propostos pelo Governo ou deliberados pelo Pleno do CDES. Nos GTs, as questões são analisadas, os posicionamentos debatidos e os consensos localizados e encaminhados para deliberação do Pleno.

Os GTs recebem, muitas vezes, contribuições de representantes de Governo, especialistas e de outras instituições, com o objetivo de ajudar o grupo a construir uma proposta sólida, que incorpore o máximo de informações possíveis sobre os temas em questão.